1954-1956 Осуществлял научное руководство разработкой системы стандартных подпрограмм для машины М-2

1956 Начал работу научно-исследовательский семинар по автоматизации программирования. Первыми участниками семинара были С.Л. Соболев, М.Р. Шура-Бура, И.С. Березин, К.А. Семендяев, Н.П. Брусенцов, Н.П. Трифонов, Е.А. Жоголев и сотрудники Вычислительного центра МГУ. На первых заседаниях обсуждались вопросы построения троичного компьютера "Сетунь". В дальнейшем на этом семинаре стали регулярно обсуждаться разнообразные вопросы автоматизации программирования, а его постоянным научным руководителем стал проф. М.Р. Шура-Бура. Начиная с 60-х годов, семинар сделался одним из ведущих научных форумов нашей страны.

В октябре 1956 года М.Р. Шура-Бура зачитал доклад от имени трех авторов (совместно с А.А. Ляпуновым и М.В. Келдышем) на сессии Академии Наук СССР по научным проблемам автоматизации производства. В докладе были поставлены актуальные математические вопросы теории счетных машин. (Сессия АН СССР по научным проблемам автоматизации производства. Пленарные заседания. М.: Изд-во АН СССР. 1957. с.100 - 130 а также Вестник АН СССР 1956. #11 с.16 - 37)

В марте 1956 года Михаил Романович выступил с докладом "Программирование математических задач для быстродействующих вычислительных машин" на пленарном заседании всесоюзной конференции "ПУТИ РАЗВИТИЯ СОВЕТСКОГО МАТЕМАТИЧЕСКОГО МАШИНОСТРОЕНИЯ И ПРИБОРОСТОЕНИЯ". Эта конференция была, фактически, первым Форумом программистов Советского Союза.